14年前,初号机疑似神化第一状况的沉睡带来近三攻击,使天下发生前所未有的剧变。在此之后,葛城美里(三石琴乃 配音)等NERV旧部出奔,确立了匹敌seele和NERV的Wille。Wille受命明日香(宫村优子 配音)和真里(坂本真绫 配音)夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣(绪方惠美 配音),但相对阻止真嗣登上初号机。感遭到方圆的敌意,懵懂的真嗣尾随绫波丽(林原惠美 配音)登上陡然入侵的九号机,返回了千疮百孔的NERV总部。在这里,他不测相逢朝思夜想的绫波,还从父亲何处得悉本人将和美青年渚薰(石田彰 配音)配合驾驶十三号机。长达14年的空缺,期间的沧桑剧变和情绪胶葛让真嗣屁滚尿流。而看似和顺的渚薰为他揭开了各类难以置信的实情…… 本片为EVA新剧院版四部曲的第三部。