小智一行人依然在无尽的旅途中前行着。某日,一个巨大的宝可梦突然突如其来,它的真身难道是幻之宝可梦波尔凯尼恩!波尔凯尼恩生活在偏远的尼贝尔高原之上,在那里生在世良多和它同样基本上受到人类迫害而对人类失掉相信的宝可梦们。而平凡,波尔凯尼恩为何会出今朝此地?它终究想要做甚么呢? 一道微妙的无形的锁链将小智和波尔凯尼恩紧紧的锁在了一路,无法之下,波尔凯尼恩只得带着小智一路前去它的目的地阿佐特王国。在那里,贪心而又罪行的大臣贾维斯得到了珍贵的造作宝可梦玛机雅娜,玛机雅娜所拥有的“魂心”隐藏着极端强大的气力。贾维斯贪图运用它的气力成为扫数国度的统治者。