在第二次新吉恩战斗、又名“夏亚的兵变”闭幕后,地球圈取得了悠久的战斗。 这将来3年,宇宙世纪0096年。在家产殖民地“家产7号”出息行了一项隐藏会商。内容为--被认为是地球联邦政府黑暗操控的“比斯特财团”将把最高机要“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面,在安纳海姆家产特地黉舍就读的青年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的女孩(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了阻止新的战斗迸发,必需结构“拉普拉斯之箱”的生意业务。巴纳吉在数次辅佐奥黛丽将来,逐渐被她所吸引。 随后,地球联邦创造了这起生意业务,并阻滞军事染指,家产殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和错误一边遁迹一边寻找着奥黛丽,而显现在他目下的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。一蹶不振的卡迪阿斯将出生的隐藏奉告了巴纳吉,同时将箱之钥匙--“机灵兵士高达独角兽”托咐给他。 随后,一场缠绕“拉普拉斯之箱”的战斗初步了……