在第二次新吉恩战役、别号“夏亚的叛乱”落幕后,地球圈取得了长久的战役。这当前3年,宇宙世纪0096年。在家当殖民地“家当7号”出息行了一项机要谈判。内容为--被认为是地球联邦政府黑暗操控的“比斯特财团”将把最高潜藏“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。另一方面,在安纳海姆家当趁便黉舍就读的青年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的女孩(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了抑制新的战役迸发,必需构造“拉普拉斯之箱”的买卖。巴纳吉在数次援助奥黛丽当前,逐渐被她所吸引。随后,地球联邦发觉了这起买卖,并截止军事加入,家当殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和过错一边遁迹一边寻找着奥黛丽,而泛起在他面前目今的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。朝气蓬勃的卡迪阿斯将出生的机要通知了巴纳吉,而且将箱之钥匙--“乖巧士兵高达独角兽”交付给他。随后,一场回绕“拉普拉斯之箱”的战役劈头了……