故事从97年最终幻想Ⅶ终局两年日后最先,当人们觉得天下基本上战役之时,所谓的“星痕症候群”的病却最先处处伸张,天下再度面对风险。并且基本上为援救天下而战的好汉克劳德却与世隔绝伶仃的生在世……
剧情叙说配角们打垮萨菲罗斯(Sephiroth),援救星球免于伟大陨石的侵袭后两年,奇妙的怪病「星痕症候群」在各地中断传出病例。而配角克劳德(Cloud)在与艾瑞丝(Aerith)死别后,便忽忽不乐。某日蓦然显现了与萨菲罗斯有
未知联系关系的以卡丹裘(kadaj)为首的奇妙3人组“谜”,除了直接对克劳德形成威逼以外,还进行着一连串无关“再结合”复生萨菲罗斯(Sephiroth)暗藏的谋划,将已回归各自生活的配角群们,再次的卷入风云中……