这部拍摄于1989年版的变蝇人2是1986年版变蝇人的续集,影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯小孩的伏笔,当她产下一枚蝇蛹时被就地吓死。政府的科研构造巴托产业园收养了苍蝇之子
马丁·布朗多(艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰),由巴托产业的老板巴托学员(约翰·盖兹 John Getz饰)抚育。巴托学员平和监督着马丁的一举一动,表面上把马丁视如己出,实则却把他当成钻研东西,背后用摄像机记录下他所有的生计历程,让马丁钻研他父亲生前的时空传递安装。马丁看上去俊丽帅气,无异于凡人,除了的惊人的成长速率和超人的天分身手。未几,马丁就与漂亮的贝斯·洛根(达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰)坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体猛然昏厥,期待马丁的是酿成下一个“苍蝇人”的胆怯凶讯。