某日,一群哄骗风遁之术的空忍空袭火之国,不少百姓和忍者遇害,局面危机。据纲手小孩儿所言,这群不请自来正是在第二次忍者大战中落败的空之团,个别他们怀着复仇之心再次浮现。卡卡西(井上和彦 配音)等人则负担侦探空之团的老巢,鸣人(竹内顺子 配音)、小樱(中村千绘 配音)、雏田(水樹奈々 配音)授命构成三人医疗小队,辅佐名医神农(石塚運昇 配音)返回其师傅雨琉的老家治疗伤者。另一方面,生命垂危的大蛇丸获悉神农的再生之术业已完成,他命佐助(杉山纪彰 配音)返回追寻神农。这也增进佐助和旧日不对宿命的邂逅……本片为《火影忍者》第五部戏院版
动画。