农村在规复从容后,大反派从新调集旧部死灰复燃,并勾通外星恶权势朗格试图称霸地球,忍者神龟莱昂纳多(皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰)、拉斐尔(
阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰)、多纳泰罗(杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰)和米开朗基罗(诺尔·费舍 Noel Fisher 饰)与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔(梅根·福克斯 Megan Fox 饰)、韦恩·芬威克(威尔·阿奈特 Will Arnett 饰),及面具义警凯西·琼斯(斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰)并肩作战突击歹徒。在史莱德(布莱恩·泰 Brian Tee 饰)逃走扣押后,他与猖狂的科学家巴克斯特斯·托克曼(泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰)及其两个愚昧的左膀右臂猪面和牛头团结,宣布了一个节制天下的恶魔方案。在神龟们与史莱德及其朋侪反抗的并且,他们觉察本人正面对着一个更恶行的力量大反派格朗,神龟们面对的将是宇宙级的强盛敌手