突袭全国的大灾难“第二次冲击”后,全国在废墟之上重修。14岁的青年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新
东京市。本以为能见到父亲欢迎的他,却见到名为“使徒”的宏大生物与部队交火。风险之下,特工构造NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所管辖的NERV总部。但欢迎真嗣的,倒是是父亲冷淡地下令:驾驶称为“EVA”的宏小孩儿型板滞人与使徒
战争。 本已暗示拒绝的真嗣,看到轻伤的替补驾驶员绫波丽后,决议服从父亲的下令。就如斯,从未受过作战演习的真嗣,预备驾驶EVA初号机迎战使徒。 全国的品质拜托在了一位年仅14岁的青年身上,而“第二次冲击”所潜藏的“人类补完筹划”如同也劈头了举动。把握整个谜底的碇元渡,却只不过不动生色地视察,好象整个早已写入脚本。