浮此刻太平洋上的英俊岛屿:“神海岛”。岛上世代相传着“海底沉睡着古代事业“海底宫殿”、300年前存在的2个女海盗“Anne·Bonny”、“Mary·Read”在那里留有宝藏”的传奇……来神海岛渡假的柯南一行人与聚集在此地寻宝的“宝藏猎人”(海盗猎人:在古代,奔走在世界各地、查找往日海盗埋藏宝藏的人们往往被称为“宝藏猎人”。)们偶遇,在这里,随处可见不轨行动的宝藏猎的人们,只不过随后在探求海底宫殿时,1名宝藏猎人被鲨鱼群冲击后殒命。因为事出蹊跷,柯南便同灰原等人倒退查核。柯南哄骗推理将宝藏猎人被杀环境和宝藏传奇逐个解开。最大的谜团,隐藏在“海盗旗”(海盗旗:它作为18世纪的舵手最不肯看到的器械,画着骷髅、代表着海盗的旗子。)中的潜藏到底是什么?这回,低潮的舞台,被转移至海底宫殿。